Se bem entendi, você está usando um disco ao vivo. Sem montar nenhum disco rígido (que é o comportamento padrão na maioria dos discos vivos), tudo que você faz é apenas memória (toda a estrutura de diretórios que você vê é carregada do disco quando você inicializa) e desaparece após a reinicialização. Você não pode escrever no próprio disco por padrão.