Você pode usar chmod para copiar primeiro as permissões para o backup.
chmod --reference <reference> <target>
-
Copie o arquivo de backup para o sistema linux usando um nome diferente como file.bak
cp /mnt/windows/FILE /etc/directory/FILE.bak -
aplica as permissões do arquivo original
chmod --reference /etc/directory/FILE /etc/directory/FILE.bak -
backup de mv para segmentar
mv /etc/directory/FILE.bak /etc/directory/FILE
Coloque tudo isso em um loop.
chown pode ser usado de forma semelhante para copiar o proprietário e o grupo de um arquivo de referência.