Tente o seguinte:
gvfs-set-attribute ~/Desktop/fileOrFolder metadata::nemo-icon-position 300,300
Se você usar nautilus
, substitua nautilus
por nemo
no comando acima.
Pressione <F5>
para atualizar sua área de trabalho.
Aqui está um script que pode ser útil para salvar / restaurar suas posições de ícone.