Não tenho certeza se isso é algum bug relacionado ao vinho em combinação com alguns ou todos os gerenciadores de janela ... Mas finalmente encontrei uma solução funcional para as minhas necessidades:
startx <(echo ssh -X myRemoteLinuxIP wine notepad)
que executa o aplicativo wine como aplicativo único sem gerenciador de janelas. E o teclado é finalmente roteado dentro do programa.