Mistério resolvido! Eu uso "xkbset m" para ativar as teclas do teclado para emular os botões do mouse. Acontece que essa operação tem um tempo limite (não documentado na horrível página do manual), então foi isso que fez a operação de colar parar de funcionar. Desde que eu corri "xkbset m" no meu .bashrc que foi a razão pela qual as coisas começariam a funcionar novamente sempre que um novo terminal fosse iniciado. Ainda é um mistério para mim porque xev ainda vê os eventos do botão 2 na chave, uma vez que esse tipo de indica que X ainda recebe um evento de botão do mouse a partir da tecla Command_R.
De qualquer forma, essa correção foi substituir "xkbset m" por "xkbset exp = m".
Eu encontrei a solução aqui