Como você executa o shell sem nohup , ele recebe o sinal SIGHUP quando você fecha a sessão e a envia para todos os processos no pipeline. Como o segundo comando mysql é, novamente, executado sem nohup , ele encerra e envia SIGPIPE para nohup mysqldump , que por sua vez termina.
Tente
nohup sh -c 'mysqldump -hxxx -Pxxx -uxxx -pxxx --dump-slave --include-master-host-port --apply-slave-statements -f -q -A -E -R | mysql -hxxxx -Pxxxx -uxxxx -pxxxx' &