nfc-list não está reportando o dispositivo NFC porque o que você fez está conectado ao telefone que contém o módulo NFC ao computador. O telefone Nexus é o responsável por enumerar e operar o módulo NFC. Seu computador espera que um dispositivo NFC seja conectado diretamente e enumerável; Em vez disso, o que está conectado é a interface USB que o telefone Android oferece.
Você provavelmente pode usar ou escrever um aplicativo para Android que usa NFC do Android e se comunica com seu PC via LAN ou USB. Você pode até mesmo ser capaz de manipular o sistema operacional Android para permitir que o USB do seu PC enumere o NFC do Android. Espero que o último seja bastante complicado e difícil, e o primeiro é provavelmente tão difícil se você quiser usar programas que usam dispositivos diretamente enumerados. Eu acho que você está melhor se arrastando por todos os aplicativos terríveis disponíveis para Android enquanto procura algo que faz o que quer que o programa Kali que você quer usar faz.