Seu script tem finais de linha do DOS. bash está interpretando o retorno de carro como um caractere regular. No momento, flex está tentando abrir minus.l\r , não minus.l e percebe a última mensagem de erro:
: No such file or directoryut
Deve haver um nome de caminho, seguido por : No such file or directory , mas como o nome do caminho termina em \r , o cursor é movido de volta para o início da linha ea mensagem de erro substitui todos os últimos dois caracteres. o caminho ( ut ).
Remova os retornos de carro usando dos2unix .