dpkg apenas gerencia pacotes, ele não sabe sobre o software instalado de outras maneiras.
Existem diferentes abordagens que você pode usar. Você pode usar checkinstall para criar um pacote a partir dos resultados de make install . Alternativamente, você pode reconstruir o Debian python3.6 .
É importante perceber que o pacote do sistema Python é destinado ao uso do sistema. Para desenvolver com versões mais novas do Python, você deve usar ambientes virtuais, sem tentar substituir os pacotes Python do sistema ...