Você pode encontrar linhas que começam com dois dígitos usando ^[0-9][0-9]
ou ^[0-9]\{2\}
Então você pode substituir um único caractere por 0 usando s/./0/
Colocando tudo junto,
sed '/^[0-9][0-9]/ s/./0/' somefile
ou
sed '/^[0-9]\{2\}/ s/./0/' somefile