Esta não é uma solução, mas sei de onde vem o problema. O Gnome Shell usa a propriedade WM_CLASS para associar aplicativos a seus arquivos ".desktop". Referência
O valor WM_CLASS do IPython Qtconsole está vazio e é por isso que você não vê nenhum título lá em cima. Eu relatei um bug upstream .
Você pode criar um arquivo .desktop
sem um nome que solucione temporariamente seu problema, mas qualquer outro aplicativo sem propriedade WM_CLASS seria mapeado para esse arquivo também.
cp /usr/share/applications/ipython-qtconsole.desktop .local/share/applications/.desktop