usa o bash para passar 2 variáveis para um Makefile

Question

usa o bash para passar 2 variáveis para um Makefile

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Eu tenho um script bash que gera chamadas para o meu arquivo make.

#!/bin/bash
mylist=(
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1‌.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_10,NT_2,SC_18) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me2.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_11,NT_3,SC_19) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me3.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_12,NT_4,SC_20) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me4.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_13,NT_5,SC_21) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me5.gff'
)



for SAMPLES_out in "${mylist[@]}";
do
make -f make_gene_read_count.mk -n SAMPLES_OUT=\'${SAMPLES_out}\'
done

Este é o makefile:

IN_DIR = /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/namesorted_bams
list_samples = $(shell ls $(IN_DIR)/*$(1)* $(IN_DIR)/*$(2)* $(IN_DIR)/*$(3)* | sed 's/\.namesorted\.bam/\.gene\.read\.count/g')
#SAMPLES_OUT := $(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17)

all: $(SAMPLES_OUT)

GFF := /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1.gff
GFF_TEMP := $(GFF).temp.gff

$(GFF_TEMP): $(GFF)
    sed 's/\*/./g' $< > $@

%.gene.read.count: %.namesorted.bam $(GFF_TEMP)
    htseq-count -t exon -m intersection-strict -f bam -r name -s no $^ > $@

Estou tentando passar duas variáveis da mesma matriz para meu makefile, mas isso não parece funcionar corretamente também se eu fizer assim na minha lista de matriz de scripts bash:

'$(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1‌.gff'

Infelizmente, parece que makefile não pode lidar com este tipo de construções. Como posso passar as duas variáveis para o meu makefile sem problemas de linha de comando. Então, como contornar $ (call) foi visto como uma chamada de linha de comando. As duas variáveis que eu quero passar para o makefile são GFF e SAMPLES_OUT.

bash make

por Sander Van der Zeeuw 16.02.2015 / 11:56

1 resposta

Tags bash make

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O Bash não suporta matrizes aninhadas ou quaisquer outras estruturas de dados complicadas.

Como o número de argumentos é conhecido, você pode criar duas matrizes, uma para cada argumento:

#!/bin/bash

samples=(
    '$(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17)'
    '$(call list_samples,AON_10,NT_2,SC_18)'
    '$(call list_samples,AON_11,NT_3,SC_19)'
    '$(call list_samples,AON_12,NT_4,SC_20)'
    '$(call list_samples,AON_13,NT_5,SC_21)'
)

gff=(
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1‌.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me2.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me3.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me4.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me5.gff
)

for (( idx=0; idx<${#samples[@]}; ++idx )) ; do
    make -f make_gene_read_count.mk -n SAMPLES_OUT="${samples[idx]}" GFF="${gff[idx]}"
done