Você pode desabilitar a barra de menus do gnome-terminal em seu menu de aplicativos (no Gnome 3, este é um menu suspenso na barra superior). Você também pode editar seu perfil padrão para não incluir barras de rolagem, a barra de menus, etc. em terminais de rede.
Além disso, o cromo da janela (a borda, barra de título, etc) são decididos e desenhados pelo seu gerenciador de janelas (no Gnome 3 isso é Mutter). Eu não acho que há uma maneira fácil de fazer o Mutter não desenhar bordas em algumas janelas, mas você pode verificar a biblioteca de extensões do Gnome em busca de algo que faça isso.