Eu usaria rsync, porque isso só copia o que mudou.
Eu instalaria o cygwin com openssh e rsync no servidor windows, e usaria o rsync sobre o ssh para fazer o backup, com um comando como este:
rsync -e ssh -var --progress --partial server:/cygdrive/c/myfiles $HOME/mybackup
A vantagem sobre o uso de suas opções de ftp ou samba é que neste caso o rsync é executado localmente na caixa centos e no servidor windows coletando nomes de arquivo + tamanhos + timestamps e (se necessário) checksums, e somente (aquelas partes de) arquivos e pastas que são alterados (ou novos) serão transferidos.
O Cygwin pode ser baixado aqui link Certifique-se de instalar o openssh (servidor) e o rsync.
E isso provavelmente funciona para ativar o servidor ssh após a instalação do Windows: link