O GIMP não suporta o conjunto completo de recursos que o Photoshop suporta; ou seja, efeitos de camada (borrões, sombras, etc ...) não são suportados, é por isso que você os perde.
O KVM deve funcionar, mas usar o VirtualBox é mais fácil, não requer configuração do Samba (você pode simplesmente usar pastas compartilhadas) e funciona igualmente bem.
O Wine tem problemas para executar versões recentes do Photoshop (a última que funciona bem é o CS2, se não me engano).