Você precisa colocar um script com o nível apropriado em /etc/rc3.d/
, como você já escreveu.
Todos os scripts nesse diretório são executados na ordem de seu número de sequência, scripts com o mesmo número são executados em paralelo. Somente quando todos os scripts de um nível tiverem concluído a execução, os scripts com o próximo nível mais alto serão iniciados. Então, sim, a execução irá aguardar seu script ser concluído. Isso lhe dá a oportunidade de inserir os dados necessários.
Uma coisa que você pode querer levar em conta é o que acontece se a reinicialização ocorrer quando ninguém estiver lá para inserir dados? Você quer esperar indefinidamente, ou você quer continuar após algum tempo?