Eu não costumo usar o gnome (eu instalei o Ubuntu e uso apenas o unity), mas quando eu usei o gnome eu configurei atalhos customizados, e eu fiz algumas leituras para checar. Alguns sistemas operacionais podem precisar do dconf em vez do gconf.
A resposta aqui mostra como alterar os atalhos de teclado usando o gconf-editor. Você precisa selecionar o atalho indesejado no gnome tweak-tools ou gconf-editor e pressionar backspace para apagá-lo.
Métodos alternativos são fornecidos aqui e aqui , as perguntas estão no askubuntu, mas eles fazem perguntas específicas .