Você pode tentar alterá-lo (Knoppix) e depois remasterizá-lo para salvar a configuração atual permanentemente.
Você também pode tentar usar um script 'saveconfig'. Não tem 100% de certeza, mas faria sentido que essa seria uma das configurações que salvaria.
Também há recursos de configuração para salvar em versões posteriores do Knoppix que não devem lidar com esse tipo de coisa?
Outra seria instalar em um disco virtual e usar o código de fraude relevante para alterar a resolução.
knoppix screen=1280x1024 Use specified Screen resolution for X