Primeiro, deixe-me recomendar a instalação do pavimentador, que permite ver os níveis de entrada / saída que o pulso pensa que estão acontecendo.
Meu palpite é que algo se soltou em sua configuração do ALSA. Eu não tenho certeza do que é a visão de arquitetura de áudio do Pulse, mas eu acho que normalmente tenho que mexer nas configurações com 'alsamixer' para fazer o trabalho de áudio de um desktop Linux funcionar corretamente. (Por exemplo, mic sendo mixado na saída, ou entradas ou saídas erradas, etc). Certifique-se de ver todas as "placas de som" que o alsamixer mostra, e os canais rx e tx.
Acho que também seria útil saber o que você quer dizer com a capacidade de ouvir o bipe. Você quer dizer do alto-falante da placa-mãe?