Você pode criar uma unidade flash inicializável com a versão do Linux escolhida, mas, por natureza, os CDs ao vivo não podem preservar as configurações. A memória no disco não pode ser modificada e o sistema operacional em RAM não pode ser preservado. Para descobrir como criar uma unidade flash inicializável, a maioria das distros fornece instruções. Em outras palavras, em vez de salvar as configurações em uma unidade flash, mantenha o sistema operacional inteiro no pendrive. Certifique-se de não estar usando a unidade como um "live cd", mas, na verdade, instalando o sistema operacional na unidade. Aqui está um exemplo link Aqui está um link melhor
Sua outra opção é encontrar os arquivos de configuração que são usados por esses programas individuais e carregá-los quando você iniciar o cd, ou seja, a partir do usb