Eu tive esse problema com o Shutter há algum tempo, o motivo é que você tem dependências quebradas. Execute isso no terminal:
sudo apt-get autoremove
sudo apt-get install -f
Você também pode usar alguns Tweaks de vez em quando para limpar seu cache apt, configs, etc. Por exemplo, o Ubuntu Tweak, que eu usei quando isso aconteceu. Depois disso eu aconselho você a usar o Synaptic ou o Ubuntu Software Center para instalar o Shutter.