Você deve armazenar o resultado do backtick em uma variável de script e usá-lo na chamada perl, como
REPL = 'cat ~/foo/bar/file.txt'
perl -pe "s/loremipsum/$REPL/ge" -i ~/path/to/target.txt
Mas eu acho que seria melhor usar um script perl apenas para substituir a string pelo conteúdo de um arquivo, porque o conteúdo de foo / bar / file.txt pode danificar seu comando.