se a atualização parcial é segura ou não, depende de quais pacotes ela está atrasando.
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Se é um aplicativo que você instalou e não é importante para o sistema ser executado corretamente, a atualização parcial é segura.
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Por outro lado, se estiver retendo um pacote que é essencial para o sistema funcionar corretamente, é provável que um upgrade parcial interrompa seu sistema.
É melhor segurar, dar uma olhada nos pacotes que foram retidos e corrigi-los (removendo, substituindo ou instalando corretamente).
Apenas para adicionar citações para minha resposta, o wiki do Ubuntu em atualizações parciais syas,
Se você usar o Update Manager para atualizar seus pacotes, e se oferecer para fazer uma atualização parcial, não a aceite sem verificar completamente os pacotes que ela oferece para remover, atualizar e instalar. Se fizer isso, você provavelmente acabará removendo pacotes que não devem ser removidos e perderá tempo e esforço para reparar a instalação de teste e solicitar assistência.