Nos comentários de uma resposta vinculada, parece que o problema pode ser ntpdate . Versões modernas de ntpd incluem a funcionalidade incluída em ntpdate . Eu removeria ntpdate se ele fosse instalado.
Verifique os registros de inicialização para ver se eles fornecem detalhes sobre o que está acontecendo no seu caso.
Você pode querer executar top durante a inicialização. Isso pode fornecer informações sobre o que está acontecendo.