A resposta acima está correta, mas ligeiramente diferente, você pode usar o grep
para facilitar o código, como grep -vc '^$' file.txt
Por exemplo (A): file.txt
$grep -vc '^$' file.txt
1 First line #This is two tabs to comment.
2
4
3 Fourth line #Another two tabs to comment.
Por exemplo (B): arquivo.txt
$sed '/^$/d' file.txt | wc -l
1 First line #This is two tabs to comment.
2
4
3 Fourth line #Another two tabs to comment.
Observe que o resultado é 4! quando queremos esperar apenas dois. mas isso conta as abas entre o conteúdo e o comentário também.
Observe as contagens a partir de 0 e conte a partir de 1, é diferente do grep para o sed, pois lembro-me, para mais detalhes, procure por grep ou sed.