Repos são definidos através de arquivos .repo em /etc/yum.repos.d
ou através de plugins, que geralmente são definidos através de arquivos em /etc/yum/pluginconf.d
Se você executar yum repolist --noplugins
seu repo em questão ainda será exibido?
Se você quiser saber os URLs dos pacotes do seu repositório mistery, você pode usar yumdownloader --urls packagename
para ver os URLs. yumdownloader
está contido no pacote yum-utils
.