É muito improvável que você possa estragar a instalação existente. Nenhum programa "instalado" localmente será setuid, portanto, ele será executado com suas permissões, o que significa que ele não poderá fazer nada que você não possa fazer com outros programas.
Mas se você simplesmente copiar os binários de seu próprio sistema, eles podem não funcionar como planejado. Na pior das hipóteses, não funciona (por exemplo, se as arquiteturas forem diferentes) mais provavelmente dependerá de alguma biblioteca que não seja uma versão apropriada. A melhor maneira de obter um programa que funcione é compilá-lo e, como parte dele, configurá-lo para usar versões locais de todas as bibliotecas de que você precisa e não pode depender de estar (e permanecendo) em uma boa versão no sistema, é claro que você provavelmente precisará compilar muitas bibliotecas.
Resumindo: você precisa ter certeza antes de começar, porque rapidamente se torna um grande projeto. Você já tentou perguntar ao administrador se eles poderiam alterar as permissões para que você possa usar a versão instalada?