Não acredito que haja alguma diferença em termos de conteúdo. Você pode procurar as adições de convidados no repositório Debian aqui:
Estes parecem ser idênticos aos conteúdos dos ISOs dos quais as adições de convidados são instaladas ao usar o menu suspenso de dentro do VirtualBox.
O pool contém as adições como tarballs e arquivos deb, então eu esperaria que os arquivos deb pudessem ser gerenciados mais facilmente pelo gerenciador de pacotes, apt
.