Tenho a impressão de que você já sabe disso: como você está executando as instâncias do Tomcat ouvindo o mesmo endereço IP, é necessário garantir que todas as portas usadas pelo Tomcat sejam configuradas de maneira diferente em cada instância. Isso inclui a porta de desligamento: você poderia usar 8006, 8007 e 8008, por exemplo (assumindo que nada mais usa essas portas).
As abordagens alternativas incluem o uso de contêineres para hospedar as instâncias ou namespaces de rede. Dessa forma, você pode usar as mesmas portas em cada instância.