Eu li em alguns blogs linux que para reiniciar sem passar pelo fsck você pode usar o seguinte comando:
shutdown -rf now
Eu li que o sinalizador -f significa "reinicialize rapidamente".
No entanto, não consigo encontrar nenhuma referência a essa opção no homem do meu RHEL 6.5.
Eu não tenho nenhuma referência a este flag em nenhum dos meus sistemas em execução, mas eu encontrei um em linuxcommand.org:
-f Skip fsck on reboot.
Meu palpite é que ele não funciona com todos os gerenciadores de inicialização, por isso foi removido.