É possível que suas permissões e propriedade estejam incorretas. Faça o login com o SSH e verifique se eles são executáveis e de propriedade do usuário do servidor da web. Além disso, você provavelmente desejará executar restorecon -r -v /path/to/cgi-bin para garantir que o diretório e todos os seus arquivos tenham os atributos SELinux corretos.