Normalmente, não será um problema. FreeBSD (e sistemas operacionais baseados em Unix em geral) usam links dinâmicos, então múltiplos programas podem usar as mesmas dependências. As dependências só precisam ser instaladas uma vez.
Contanto que os pacotes possam usar a mesma versão da dependência, você deve estar bem. Ocasionalmente, há problemas de compatibilidade quando dois programas exigem versões diferentes da mesma biblioteca ou implementações diferentes de bibliotecas que não podem coexistir. Normalmente, tudo funciona.