Mover arquivos para um diretório diferente na mesma partição não ajudará em um problema de espaço. Os arquivos usarão a mesma quantidade de espaço se estiverem em diretórios separados. (Na verdade, um pouco mais, já que mais diretórios significam mais espaço para os metadados do diretório, mas a diferença seria insignificante, a menos que os arquivos sejam minúsculos.) Se o sistema de arquivos de destino estiver cheio, está cheio.
Existe uma razão para não ter 600.000 arquivos no mesmo diretório, que é o desempenho. Mesmo bons sistemas de arquivos são lentos com tantos arquivos, e um grande número de programas GUI pode tentar enumerar todos os arquivos em um diretório. Você deve dividir os arquivos em subconjuntos sensíveis (por autor, por periódico, por data ... ou pelos primeiros caracteres do nome do arquivo, se nada mais fizer sentido). Apontar para 100-1000 arquivos no máximo por diretório.