Parece que sua saída desejada está errada.
awk '
NR == FNR {min[$1]=$3; max[$1]=$4; next}
{
for (id in min)
if (min[id] < $2 && $2 < max[id]) {
print $0, id
break
}
}
' reference input
A 16553900 16554000 -1 ID3
A 26607800 26607900 -1 ID1
A 28571050 28571100 -1 ID2