Eu tenho um problema semelhante com um Dell PowerEdge SC440 com o controlador Dell SAS 5. Eu queria atualizar meus discos rígidos de 2x160 GB em RAID-1 (espelhamento) para 2x2TB em RAID-0 (striping). Criando o "disco virtual" funcionou, instalando o Ubuntu também, mas depois de reiniciar o BIOS não reconhece o "disco virtual" como um dispositivo de boot.
Portanto, no meu caso, o problema não está na instalação do sistema operacional, mas no SAS e na "integração" do BIOS. No Setup Utility, em Boot Order, você deve ver uma entrada com algo como (no meu caso) "# 0240 ID00 LUN0 Dell VIRTUAL". Se você não vê isso, o problema não é com o Ubuntu, mas com o SAS / BIOS.
Eu fiz as coisas funcionarem reconfigurando as unidades no RAID-1. A BIOS então pegou a unidade virtual e o boot funciona.
Desculpe, não tenho uma solução imediata para você, mas espero que ajude a solucionar seu problema.
Felicidades, bert