Não sei ao certo o que você quer dizer com "o apache poderá executar esse arquivo". Você realmente quer executar (ou seja, executar como um programa) arquivos que são enviados por ftp? Ou você quer dizer que você quer apenas que o apache os sirva como dados para os clientes? Quais diretórios os clientes da web podem ver são determinados pelo arquivo de configuração do apache; você pode configurá-lo para atender aos diretórios que quiser.
Normalmente, novos arquivos são criados com acesso de leitura para todos e acesso de gravação apenas para o proprietário: ou seja, -rwxr-xr-x ou 755 octal ( -rw-r--r-- ou 644 octal, se não um arquivo executável). As permissões dadas a novos arquivos são regidas pela umask do processo que as cria. Isso significa que os arquivos enviados pelo usuário ftp provavelmente são utilizáveis pelo apache, se estiverem configurados para isso.
Se você realmente deseja que vários usuários compartilhem um diretório inicial, esse diretório precisa ser gravável por todos esses usuários, portanto, ele precisa ter permissão de gravação global ou permissão de gravação em grupo e todos os usuários que precisam gravar nele pertencente ao grupo que o possui.
Mas isso provavelmente não é o caminho a seguir. Você provavelmente conseguirá o que deseja usando usuários separados.