Eu posso ter acabado de descobrir. Modificando a regra de reescrita para isso:
rewrite ^/sites/(.*)$ https://server2.newdomain.com/$1 last;
Parece fazer o truque. A menos que alguém tenha uma alternativa melhor. Ainda estou testando muitos links para determinar se isso vai funcionar, mas até agora tudo bem. Graças a este artigo. Como rápido e fácil remover parte de um URL no Nginx com HttpRewriteModule?