Eu tenho o mesmo problema, apenas fiz o mesmo. Aparentemente, mesmo no site do Ubuntu, o Wubi é bastante promovido como "click and play" - é bastante problemático. Alguns dos problemas são devidos ao driver ntfs-3g que é, bem, buggy. Eles têm uma versão comercial do driver (você sabe, $$), que funciona melhor. Para resumir, você precisa instalar o Ubuntu em uma unidade separada, sem partições ntfs.