Uma pergunta de cada vez. Não é essa a regra? Aqui está a resposta para a primeira pergunta no seu título. Uma pesquisa simples encontrou este link:
Explicação de como o rótulo AMD64 se originou
Observe estas citações:
A especificação original foi criada pela AMD
Depois de lançar a arquitetura sob o nome "x86-64", a AMD renomeou para AMD64 em 2003
Então, a resposta é: "Não tem muita diferença".
Quanto a parte da sua segunda pergunta, veja este link
Explicação do Ubuntu sobre o motivo de um CD alterativo
Anote o cabeçalho Detalhes do instalador alternativo.
Quanto à diferença entre um computador desktop e um computador que está funcionando como um servidor, sugiro que você faça isso como uma pergunta à parte. Edições diferentes do Ubuntu para diferentes usos do computador.