Não importa, descobri. As seguintes linhas precisam estar presentes no arquivo conkyrc para o tema / widget / skin específico:
own_window_class conky
own_window yes
own_window_type desktop
EDITAR:
Na verdade, isso só funciona para algumas skins. Para o Seamod, por exemplo, só posso fazer com que ele apareça em uma segunda janela ou, se aparecer na área de trabalho, ele desaparece se eu clicar na área de trabalho
EDIT2:
Eu acho que descobri que havia um erro de digitação no conkyrc.
own_window_hints undecorated,sticky,skip_taskbar,skip_pager,below
Ele disse "undecorate" em vez de "undecorated"