Observe o '.' na frente do diretório? Em sistemas unix, o ponto significa que o arquivo está oculto. Para visualizá-lo no nautilus (o programa usado para visualizar arquivos no gui, também conhecido como "arquivos"), vá para o seu diretório home e pressione "Ctrl + H". Você verá agora um monte de arquivos "ponto". Fora destes, você encontrará .wine. Os outros arquivos de pontos são usados para armazenar recursos, configurações e outras coisas que você não usa diretamente (em vez disso, um programa que você usa usa os arquivos).