Quando você executa um script de shell como CGI, que é o que eu acredito que você está fazendo (ou tentando fazer), ele é executado a partir do daemon do servidor da web ou do apache e sua saída não é visível em nenhum lugar. Você pode redirecionar sua saída para um arquivo, por exemplo, substituindo o script original por um que execute o script e salve a saída:
#!/bin/bash
./original.sh | tee --append file-to-save-to
(Você provavelmente também deve atualizar sua pergunta para mostrar qual é o seu objetivo, além do problema que você encontrou.)