Você não pode simplesmente "converter" isso em um shell script, ele chama outros scripts de lote e arquivos exe, que são aplicativos do Windows e não executáveis no Linux (ou qualquer outro SO que não seja Windows).
A única maneira é executá-lo no Wine, o qual emula um ambiente Windows.
Execute o console do Windows do Wine:
wineconsole cmd
E neste console, vá para o caminho do arquivo em lote e execute-o:
cd path\to\batchfile
batchfile.bat