O que você fez não funcionou para você, porque você alterou o php.ini errado. O que você mudou é para a linha de comando PHP.
O que o apache está usando está localizado em
/etc/php5/apache2/php.ini
Não se esqueça de reiniciar o apache depois de editar o arquivo:
sudo service apache2 restart
Se você ativou o mod_rewrite você também pode colocar isso no seu arquivo .htaccess:
php_value upload_max_filesize = 16G
php_value post_max_size = 16G
Para ativar o mod_rewrite:
sudo a2enmod rewrite
service apache2 restart
Depois disso, edite esse arquivo /etc/apache2/sites-enabled/000-deafult
ou, se você tiver hosts virtuais, edite o arquivo do host virtual para permitir a substituição. Encontre estas linhas:
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride None
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
Altere AllowOverride None
para AllowOverride All
ou apenas adicione AllowOverride All
na etiqueta do Diretório se você não tiver AllowOverride None
Você pode ler o artigo oficial sobre a documentação do owncloud e como alterar o limite de upload aqui .