Runlevels são grupos lógicos de tarefas. Tradicionalmente, você tem cinco níveis de execução.
0 boot
1 single user
2 not used
3 multiuser
4 not used
5 gui
6 reboot
Cada runlevel define um conjunto de tarefas mais ou menos estático para ser executado. Nível de execução 1, pode não ter rede enquanto o nível de execução 3 pode não ter a tela de login da GUI. Um sistema passa por todos os runlevels inferiores antes de atingir o nível de execução padrão . Para uma caixa típica do Ubuntu, o nível de execução tradicional é 5: GUI, enquanto outras distribuições como o Debian ou o Gentoo podem ser configuradas para rodar o 3: multiuser como o nível de execução padrão.
Em versões recentes do ubuntu, este modelo mudou um pouco porque o modo anterior de iniciar o sistema não permitia que múltiplos serviços (programas) rodassem em paralelo. Sem dúvida, havia outras razões também.
Se eu entendi seu objetivo corretamente, você precisa executar um único comando. Você pode fazer isso colocando-o junto com qualquer outro comando que você possa ter no arquivo /etc/rc.local :
$ chmod 755 /etc/rc.local
O sistema Init não executará este arquivo sem os bits de execução
$ cat /etc/rc.local
#!/bin/sh -e
# This script is executed at the end of each multiuser runlevel.
loadkeys /root/jolemak.iso15.kmap
exit 0
Qualquer runlevel multiusuário significa qualquer nível de execução acima de 3. Neste exemplo, um único comando é executado para carregar um layout de teclado alternativo para os consoles virtuais. Ele serve como uma maneira rápida de corrigir o layout antes de descobrir como instalar e configurar adequadamente os layouts adicionais.
Se você precisa fazer coisas mais avançadas, escreva um tradicional /etc/init.d/foo script ou um novo upstart (específico do Ubuntu) /etc/init/moo.conf. Estude os exemplos nessa pasta e leia o wiki para mais informações.