zenity --question
retornará a resposta do usuário em seu código de saída.
Você pode coletá-lo a partir da variável $?
special, assim
zenity --question --text="Are you there?"
THERE=$?
ou usá-lo diretamente em uma condição como esta
if zenity --question --text="Do you want to answer stupid questions?"
then
zenity --entry --text="Why?"
fi