Sim, é possível. Você tem que escrever um back-end apt-fast (em Python) para o Atualizador de Software ( update-manager
package). Dê uma olhada no back-end do Synaptic . Este backend também chama um executável (synaptic). Talvez apenas mude um pouco as opções da linha de comando e você está pronto.
Instale-o em /usr/lib/pythonX/dist-packages/UpdateManager/backend/YourBackend.py
e carregue-o em .../backend/__init__.py
file (método "get_backend").