Veja a resposta: Como posso reativar a abertura de arquivos jar clicando duas vezes sobre eles?
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Em suma, você tem que editar o arquivo /usr/share/applications/defaults.list
como root ( sudo gedit /usr/share/applications/defaults.list
, por exemplo),
procure pelas duas linhas que começam com application / x-jar e application / x-java-archive e altere os valores .desktop daqueles linhas para openjdk-7-java.desktop , se você tiver o openjdk-7 instalado.