- instale "Configurações avançadas" no Ubuntu Software Center (se ainda não estiver instalado)
- pesquise por "Configurações avançadas" no Dash e clique nele
- na primeira opção, "Área de trabalho", ative "O gerenciador de arquivos gerencia a área de trabalho"
Seus ícones de pasta devem retornar à tela da sua área de trabalho.
(vote se isso funcionar para você)