Absolutamente, positivamente, não mova sua pasta Zotero para a pasta de sincronização do Ubuntu One. A pasta Zotero contém o banco de dados Zotero - zotero.sqlite - e sincronizar isso via serviços de sincronização como o Ubuntu One, Dropbox, etc., provavelmente levará à corrupção do banco de dados. Existem dezenas de tópicos nos fóruns Zotero de pessoas que queriam economizar alguns dólares fazendo isso com o dropbox e acabaram com um banco de dados completamente corrompido.
O Ubuntu One não suporta o WebDAV, por isso não existe.
Você pode colocar apenas a pasta de armazenamento dentro da pasta de dados do Zotero no Ubuntu One. Eu acredito que é possível designar essa pasta para ser sincronizada pelo Ubuntu One, caso contrário crie um link simbólico para ela na pasta de sincronização do Ubuntu One. Isso permitirá que você faça o backup de arquivos on-line e sincronize-os entre diferentes computadores, mas ao contrário de sincronizar com o armazenamento do Zotero, você não poderá acessar os arquivos através de sua biblioteca em zotero.org, nem poderá compartilhar arquivos em grupos.